慢性咽炎的病因有以下几种：
1、急性咽炎反复发作导致的，这也是慢性咽炎的主要的一病因。
2、上呼吸道炎症的刺激，比如鼻炎、鼻窦炎、鼻咽炎、扁桃体炎，这些炎症的刺激也可以导致咽部的粘膜发生慢性炎症。
3、口腔疾病，比如牙龈炎、龋齿等口腔的炎症，延及咽部粘膜，导致咽部粘膜的炎症。
4、慢性疾病，比如贫血，可以导致全身和咽部局部的抵抗力下降，导致咽炎的发生。还有胃食道反流，消化不良等胃酸的刺激可以导致咽喉黏膜发生慢性炎症，导致慢性咽炎的发生。还有颈椎病，颈椎病增生的骨质有可能压迫咽部的这神经，导致咽部感觉异常，从而产生慢性咽炎。
5、环境因素，比如空气污染、粉尘作业、有毒有害的气体，还有化学品的刺激，都有可能导致咽炎的发生。还有特殊的职业，比如老师、歌唱家还有售货员，平常说话比较多，因为说话多导致咽喉的局部的抵抗力下降，导致咽炎的发生。
6、免疫功能异常，这主要是指的过敏反应，通常是空气当中有过敏的东西，常见的比如螨虫、花粉、霉菌，遇到空气当中这些过敏原之后有可能在上呼吸道，包括鼻腔、咽腔产生过敏反应，导致咽炎的症状发生。